В 1936 году храм был закрыт и использовался в качестве склада. В годы «сталинского послевоенного потепления» в числе сорока церквей и молитвенных домов Уфимской епархии храм был открыт. Полвека Михаило-Архангельский храм являлся сосредоточением православной жизни города, был единственным действующим храмом на большей части территории Бирского района
В 2013 году по ходатайству Преосвященнейшего Амвросия епископа Нефтекамского и Бирского решением Священного Синода Русской Православной Церкви при храме открылся Свято-Троицкий женский монастырь. В настоящее время Михаило-Архангельский храм отремонтировали, построили помещения для женского монастыря, благоустроили прилегающую территорию.